Gdyńskie Stowarzyszenie Świętego Mikołaja Biskupa powstało formalnie pod koniec 2009 roku. Swój początek możemy jednak umiejscowić w czasie już wcześniej, bo podczas warsztatów dotyczących działania metodą projektu, które odbyły się we wrześniu 2009 w parafii Św. Mikołaja w Gdyni, prowadzonych przez członków Stowarzyszenia Św. Filipa Nereusza działającego na Śląsku. Warsztaty te były zatytułowane „Dobro wypiera zło”. Treści, które zostały nam przedstawione pokazały nam na czym polega praca prowadzona metodą projektu. Odbywa się ona według 3 zasad:
- dobro wypiera zło – im więcej stworzymy dobra, tym mniej będzie miejsca na zło;
- podaj dalej – nie możesz zatrzymywać dla siebie swoich talentów, pomysłów, energii;
- prawdziwe życie – dobro musi dziać się w realnym życiu: w kontaktach
z innymi, odpowiadaniu na ich potrzeby, a nie w deklaracjach, wyobraźni, czy zamierzeniach.

To właśnie podczas tych warsztatów w naszych sercach pojawiło się pragnienie, by ich doświadczenia i nasze możliwości przenieść na grunt naszej dzielnicy, a potem także innych dzielnic. I tak się wszystko zaczęło.

W statucie Stowarzyszenia zapisaliśmy, że naszym celem jest wspieranie rozwoju człowieka zgodnie z Ewangelią i zasadami Katolickiej Nauki Społecznej, a w szczególności niesienie pomocy dzieciom, młodzieży, osobom starszym oraz rodzinom będącym w trudnej sytuacji życiowej.